உயிர்வேதியியல் மற்றும் உடலியல் இதழ்

மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரி மற்றும் பயோ இன்ஃபர்மேடிக்ஸ் ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்தி புரோட்டியோமிக்ஸில் தள-குறிப்பிட்ட கிளைகோசைலேஷனின் தானியங்கு அடையாளம்

ஜாங் ஷின் யூ

புரோட்டீன் கிளைகோசைலேஷன், புரோட்டீன்களில் மிகவும் பிரபலமான பிந்தைய மொழிபெயர்ப்பு மாற்றியமைத்தல்களில் ஒன்றாகும், ஒட்டுதல், செல்லுலார் அங்கீகாரம் மூலம் சமிக்ஞை செய்தல் மற்றும் அசாதாரண உயிரியல் நிலைகளுக்கு பதில் போன்ற பல்வேறு செயல்முறைகள் மூலம் உயிரியல் அமைப்புகளில் முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது. இருப்பினும், கிளைகோபுரோட்டீனின் சிக்கலான தன்மை மற்றும் பன்முகத்தன்மை காரணமாக, தற்போதைய பகுப்பாய்வுகள் முக்கியமாக கிளைகோசைட்டுகள் அல்லது வெளியிடப்பட்ட கிளைக்கான்களை அடையாளம் காண்பதில் கவனம் செலுத்துகின்றன. இந்த ஆய்வில், N-glycopeptides பகுப்பாய்விற்கான MS-அடிப்படையிலான உயர் செயல்திறன் முறையை நாங்கள் உருவாக்கியுள்ளோம், இது புரோட்டியோமிக்ஸில் N-மற்றும் O-கிளைகோசைலேஷன் பகுப்பாய்விற்காக GlycoProteomeAnalyzer (GPA) என்று பெயரிடப்பட்டது, இது தரவுத்தள தேடலுடன் டேன்டெம் மாஸ் ஸ்பெக்ட்ரோமெட்ரியை (MS) இணைக்கிறது. அல்காரிதம் தொகுப்பு. தவறான கண்டுபிடிப்பு விகிதத்தை (FDR) கணக்கிடுவதன் மூலம் புரதங்களின் N- மற்றும் O- கிளைகோசைலேஷனின் உறுதியான அடையாளத்திற்கான புதிய ஸ்கோரிங் அல்காரிதங்களை நாங்கள் உருவாக்கியுள்ளோம். எங்கள் அணுகுமுறையில், அனைத்து அமினோ அமில வரிசை மற்றும் கிளைகோசைலேஷன் தளத் தகவல்களும் யூனிப்ரோட் தரவுத்தளத்திலிருந்து பெறப்பட்டன. மனித புரதத்தின் Swiss-Prot அணுகல் எண்ணிலிருந்து, மனித பிளாஸ்மா மாதிரியில் உள்ள புரதங்களுக்கான டிரிப்டிக் N- மற்றும் O-கிளைகோபெப்டைட் தரவுத்தளத்தை எங்கள் GPA நிரல் தானாகவே உருவாக்குகிறது. மதிப்பிடப்பட்ட FDR ≤ 1% உடன் Uniprot இலிருந்து GPA-DB உடன் HCD, CID மற்றும் ETD MS/MS ஸ்பெக்ட்ராவைப் பயன்படுத்தி புரோட்டீன் கலவைகளின் தள-குறிப்பிட்ட c N- மற்றும் O-கிளைகோபெப்டைட்களின் தானியங்கு அடையாளம் காண இது அனுமதிக்கிறது. GPA ஆனது ஒரு வரைகலை பயனர் இடைமுகத்துடன் உயர்-செயல்திறன் கிளைகோபுரோட்டியோமிக் தரவை எளிதாகக் கையாள வடிவமைக்கப்பட்டுள்ளது மற்றும் இணையதளத்தில் (https://www.igpa.kr/) நிரூபிக்கப்பட்டுள்ளது. இது கிளவுட் கம்ப்யூட்டிங் சேவையுடன் ஒருங்கிணைக்கப்படலாம், இது உள்ளூர் கிளஸ்டர்களின் தேவையை நீக்குகிறது மற்றும் தரவு பகுப்பாய்வு செயல்திறனை அதிகரிக்கிறது.