தாவர நுண்ணுயிரிகள் பயனுள்ளதாக இருக்கும் அல்லது தீங்கு விளைவிக்கும் நுண்ணுயிரிகள் அவற்றின் வளர்ச்சி மற்றும் உயிர்வாழ்விற்கான தாவரங்களை சார்ந்துள்ளது. நோய்க்கிருமி, கூட்டுவாழ்வு மற்றும் துணை தொடர்புகள் தாவரங்களில் காணப்படுகின்றன. மன அழுத்தத்தை தாங்கும் திறன், நோய் எதிர்ப்பு மற்றும் தாவர உற்பத்தித்திறன் ஆகியவற்றிற்கு திறமையான மற்றும் நன்மை பயக்கும் தாவர-நுண்ணுயிர் தொடர்புகள் தேவை. பல்வேறு தாவர நோய்களின் உயிரியல் கட்டுப்பாட்டுக்கு சாத்தியமான தாவர நுண்ணுயிரிகளின் தனிமைப்படுத்தல் தன்மை அவசியம்.