இரண்டாம் நிலை நோயெதிர்ப்பு குறைபாடு என்பது நோய்த்தொற்றுக்கு எதிராக பாதுகாப்பதில் முக்கியமாக ஈடுபட்டுள்ள நோயெதிர்ப்பு மண்டலத்தின் கூறுகளின் தோல்வியின் விளைவாகும். இது நோயெதிர்ப்பு உயிரணுக்களின் உற்பத்தியில் தோல்வியாக இருக்கலாம் அல்லது செல் எண்கள் இயல்பானதாக இருந்தாலும், அவை சரியாக செயல்படாது. சில புற்றுநோய்களுக்கு (லிம்போமா, லிம்போசைடிக் லுகேமியா) கதிர்வீச்சு, மருந்து சிகிச்சை அல்லது புற்றுநோய்க்கான எலும்பு மஜ்ஜை மாற்று அறுவை சிகிச்சை, வளர்சிதை மாற்ற நோய் அல்லது எலும்பு மூலம் சிகிச்சை போன்ற பிற புற்றுநோய் அல்லாத நிலைகளுக்கு எலும்பு மஜ்ஜை மாற்று சிகிச்சை போன்ற பல காரணங்களால் இரண்டாம் நிலை நோயெதிர்ப்பு குறைபாடு ஏற்படலாம். வளர்சிதை மாற்ற நோய் போன்ற பிற புற்றுநோய் அல்லாத நிலைகளுக்கு மஜ்ஜை மாற்று அறுவை சிகிச்சை