கால்நடை நுண்ணுயிரியல் விலங்குகளில் உள்ள பல்வேறு நுண்ணுயிர் (பாக்டீரியா, பூஞ்சை, வைரஸ்) நோய்களைக் கையாளுகிறது, குறிப்பாக உணவு, பிற பயனுள்ள பொருட்கள் அல்லது தோழமை ஆகியவற்றை வழங்குகிறது. ஆண்டிமைக்ரோபியல் எதிர்ப்பு பற்றிய ஆய்வுகள் விலங்கு நுண்ணுயிரியலின் பல்வேறு ஆய்வுகளிலும் சேர்க்கப்பட்டுள்ளன. காட்டு விலங்குகளின் நுண்ணுயிர் நோய்களும் விலங்கு நுண்ணுயிரியலில் ஆய்வு செய்யப்படுகின்றன, ஏனெனில் நோய்த்தொற்றுகள் மனிதர்களுடனும் (zoonosis) மற்றும் வீட்டு விலங்குகளுடனும் அவற்றின் தொடர்பு காரணமாக சிறப்பு ஆர்வமாக இருந்தால். கால்நடை நுண்ணுயிரியலாளர்கள் விலங்கு இனங்களில் தொற்று நோயை ஏற்படுத்தும் நுண்ணுயிரிகளின் ஆய்வில் நிபுணத்துவம் பெற்ற மருத்துவர்கள். அவர்கள் பெரும்பாலும் தடுப்பூசிகள், மருந்துகள் மற்றும் பிற விலங்கு சுகாதார தயாரிப்புகளின் வளர்ச்சியில் ஈடுபட்டுள்ளனர். வைரஸ்கள், பாக்டீரியாக்கள் மற்றும் ஒட்டுண்ணிகள் உள்ளிட்ட பல்வேறு நோய்களை உண்டாக்கும் நுண்ணுயிரிகளை ஆய்வு செய்வதற்கு கால்நடை நுண்ணுயிரியலாளர்கள் பொறுப்பு. அவர்கள் ஆராய்ச்சி ஆய்வுகளை நடத்தி முடிவுகளை சக மதிப்பாய்வு செய்யப்பட்ட பத்திரிகைகளில் வெளியிடுகிறார்கள்.