நுண்ணுயிர் சூழலியல் என்பது சுற்றுச்சூழலில் உள்ள நுண்ணுயிரிகள் மற்றும் அவை ஒன்றோடொன்று தொடர்புகொள்வது பற்றிய ஆய்வு ஆகும். நுண்ணுயிரிகள் பூமியில் உள்ள மிகச் சிறிய உயிரினங்கள், ஆனால் அவற்றின் சிறிய அளவு இருந்தபோதிலும், அவை நம் மீதும் நமது சுற்றுச்சூழலின் மீதும் பெரும் தாக்கத்தை ஏற்படுத்துகின்றன. நுண்ணுயிர் சூழலியல் "எங்கள் வாழ்க்கையை எவ்வாறு மேம்படுத்துவது?" போன்ற நமது நடைமுறைக் கேள்விகளுக்கு பதிலளிக்க உதவும். அத்துடன் "ஏன் இங்கே இருக்கிறோம்?" போன்ற அடிப்படைக் கேள்விகள். நுண்ணுயிர் சூழலியல், பிரபஞ்சத்தில் நமது இடத்தை நமக்குக் காட்ட முடியும் -- உயிர் எவ்வாறு உருவானது மற்றும் அது எவ்வாறு உருவானது, மற்றும் மற்ற அனைத்து உயிரினங்களின் பெரும் பன்முகத்தன்மையுடன் நாம் எவ்வாறு தொடர்புபட்டுள்ளோம்.